Kathedraal van licht
De huidige Hooglandse of St. Pancraskerk verrees tussen ca. 1377 en 1535 op de plek waar sinds het begin van de veertiende een eenvoudig kapelletje stond gewijd aan de vroeg-christelijke martelaar Sint Pancratius.
Op voorspraak van Karel de Stoute verleent paus Paulus II op 24 februari 1470 het kapittel van Sint Pancras ‘exemptie’. Daardoor valt het kapittel niet langer onder de rechtsmacht van het bisdom Utrecht, maar onder direct gezag van de paus. Het lot lijkt het kapittel gunstig gezind: omstreeks 1525 hebben de autoriteiten in de Nederlanden plannen om de Sint Pancraskerk tot kathedraal te laten verheffen. Leiden zou bisschopsstad worden en het collegiale kapittel zou tot kathedraalkapittel worden verheven. Zover komt het echter niet. Onrustige tijden zijn in aantocht: binnen het kapittel ontstaan spanningen en de invloed van de Reformatie neemt toe. Aan de bouw van de Sint Pancraskerk komt in 1535 voorgoed een einde. Bij de bisschoppelijke herindeling van 1559 gaat de beoogde bisschopszetel uiteindelijk naar de Grote of Sint-Bavokerk in Haarlem. De verlenging en verhoging van het schip (dat tot de Rijn zou reiken en met twee torens daar zou eindigen); de stenen gewelven, luchtbogen en balustraden worden niet meer voltooid: het blijft slechts bij de nog steeds zichtbare aanzetten. In de eerste helft van de 16e eeuw is de kerk met veel pracht en praal ingericht. In de kerk bevinden zich 24 altaren, met een prominente plaats aan de noordoost vieringpijler voor het aan haar schutspatroon Sint Pancratius gewijde altaar.

Tijdens de beeldenstorm van augustus 1566 worden grote vernielingen aangericht en talloze kunstvoorwerpen en archiefstukken gaan verloren. In 1572 gaat de kerk over in protestantse handen en zij dient in tijden van nood ook als graanopslag, zoals tijdens het Leidens ontzet in 1574. Van de oorspronkelijke katholieke aankleding blijft vrijwel niets behouden.
In de 17e eeuw vervult de Hooglandse Kerk een belangrijke religieuze en maatschappelijke rol in Leiden. Uit deze periode dateren onder meer de tochtportalen, de banken in de zijbeuken, de kansel, de uitbreiding van het orgel, vele grafzerken en de huizen aan de buitenzijde van de kerk.
In het midden van de 19e eeuw is de kerk bouwvallig, onder meer als gevolg van de ramp met het kruitschip in 1807. Even wordt zelfs sloop van de kerk overwogen. Zover komt het niet en van 1840 tot 1903 wordt de kerk flink gerestaureerd onder leiding van de architecten J.C. Rijk en W.C. Mulder. Onderdeel van de werkzaamheden zijn het tongewelf in het schip (1840) en de fraaie houten gewelven in het koor en het transept (1850) die een goed beeld geven van de oorspronkelijke ruimtewerking. Voorts wordt het hoogkoor ontdaan van het koorhek en de houten afscheidingen met de kooromgang.
Na de Tweede Wereldoorlog besluit men opnieuw tot een grote restauratie, die van 1954 tot 1979 wordt uitgevoerd. Later vinden op kleinere schaal restauratiewerkzaamheden plaats, waardoor de kerk tegenwoordig in goede staat verkeert.

Kunsthistorische aspecten
Ondanks de onvoltooide toestand is de Hooglandse Kerk een indrukwekkend monument. Het lijnenspel van de kerk, het imposant verrijzende hoogkoor, de ruimtelijke werking en het enorme vensteroppervlak (het grootste in Nederland) geven het geheel een bijzondere sfeer. De kerk is geroemd om haar inwendige elegante rijzigheid. De versieringen op de kapitelen zijn naar model van Brabants lof en verschillen van elkaar. Ook de raampartijen verschillen. Het brede dwarsschip is met zijn 65,70 m het breedste gotische dwarsschip ter wereld en geeft een illusie van de geplande opzet van een immense kerk, die zich na voltooiing zou kunnen meten met de grootste gotische kathedralen van Europa. De weelderige transeptgevels zijn een goed voorbeeld van de late, flamboyante gotiek in de Nederlanden. Het speelse en verfijnde beeldhouwwerk van de Hooglandse Kerk steekt in dit opzicht af bij de sobere Pieterskerk. Inwendig wijzen horizontale lijnen echter reeds op de komende renaissance.
Een minder opvallend (maar niet minder interessant) detail in het grondplan van de kerk is de afwijking van het noordertransept (I) ten opzichte van het zuidertransept (II): het laatste staat ca. 1 meter meer in westelijke richting. Deze afwijking is het best zichtbaar door vanuit het noordertransept langs de pijlers naar het zuidertransept te kijken. Ook de lengteas van de kerk is niet geheel recht, maar kent een sterke V-vorm. Men beoogde hiermee om in het grondplan van de kerk niet alleen de kruis van Christus uit te beelden, maar ook Zijn lijdende Lichaam. Tijdens de bouw van de Hooglandse Kerk (1380-1535) was het gebruikelijk om Christus in een S-vorm af te beelden waarbij de ene schouder lager dan de andere hing. Deze vormgeving kunnen we dus terug zien in het grondplan van de kerk, evenals bij een groot aantal andere kathedralen.
In de Hooglandse Kerk vinden we nog echo’s van het romaanse kerkje dat aan de huidige laatgotische kruisbasiliek voorafging. De inpandige toren (8) is in romaanse stijl opgetrokken, getuige de plompe stijl en de kleine vensters met ronde bogen. Elke travee in de kerk heeft een rijk versierd triforium (de uitsparing in de muur boven de arcade onder de hoge ramen, die werd gebruikt als inspectiegang) in gotische stijl. Onzichtbaar gaan echter achter het houten tongewelf van het schip unieke exemplaren in rennaisancestijl schuil.


Kerkelijke functie
De Hooglandse Kerk heeft nog steeds een kerkelijke functie. De Hooglandse Kerkgemeente (tot voor kort Leidse Binnenstadsgemeente) van de Protestantse gemeente Leiden (PKN) en de oecumenische Ekklesia Leiden (voortgekomen uit het oecumenisch studentenpastoraat) houden er elke zondag hun erediensten. Daarnaast vinden er regelmatig universitaire bijeenkomsten, congressen, concerten en andere evenementen plaats.